La classe dei Flagellati è una delle più numerose del sottoregno dei Protozoi. Fra i Protozoi il concetto di classe assume spesso un significato differente da quello che gli viene attribuito trattando di animali superiori; infatti fra gli esseri unicellulari è difficile dimostrare quelle correlazioni strutturali ed evolutive che sono il fondamento del sistema di classificazione utilizzato per forme di vita con un grado maggiore di complessità. Accade spesso che una classe, fra i Protozoi, rappresenti soltanto un raggruppamento convenzionale, costituito per comodità di studio, ma non basato su dati riscontrabili con esattezza in natura. Questo è anche il caso dei Flagellati: nella classe sono compresi tutti i Protozoi che presentano, nella fase attiva della loro esistenza, uno o più flagelli. Un flagello è una struttura filiforme, lunga, dotata di possibilità di movimento: muovendo ritmicamente il flagello (o i flagelli ), l’organismo ottiene sia di spostarsi nel mezzo liquido nel quale vive, sia di creare una corrente d’acqua che è in grado di portare detriti organici nelle sue vicinanze, in modo da favorire la ricerca del cibo. I flagelli sono strutture complesse e molto piccole che si possono studiare solo al microscopio elettronico. Alla base di ogni flagello si trova un corpicciolo cilindrico, chiamato granulo basale, di struttura identica a quella dei centrioli, organelli cellulari deputati alla costruzione del fuso mitotico durante la divisione cellulare. Questo granulo basale rappresenta il centro del moto del flagello: infatti se si riesce a distruggerlo, il flagello si ferma, mentre, se si taglia in due, la porzione connessa al corpo dell’organismo continua a battere e quella staccata si ferma. Da questo corpuscolo escono verso l’esterno della cellula un certo numero di filamenti, generalmente 9, disposti sulla superficie di un immaginario cilindro. Il tutto è ricoperto da una estroflessione della membrana plasmatica; i filamenti sono costituiti da una particolare proteina contrattile che, utilizzando l’energia dell’ATP (adenosintrifosfato), produce il movimento del flagello. Anche le cilia hanno una struttura simile, ma sono più corte e numerose.
Quasi tutti gli ordini della classe dei Flagellati comprendono sia organismi autotrofi che organismi eterotrofi ; si suppone però che questi ultimi siano derivati dai primi per perdita dei cloroplasti, organelli deputati allo svolgimento della fotosintesi clorofilliana. Nella classe sono inclusi anche alcuni organismi che non possiedono un flagello, ma che sono strettamente correlati con altri organismi classificati come Flagellati. Moltissimi Flagellati si trovano nel plankton marino: insieme alle Diatomee , essi costituiscono una delle basi più importanti della catena alimentare e rivestono quindi un notevolissimo ruolo biologico. Alcuni fra gli ordini più importanti appartenenti alla classe Flagellati sono:
Crisomonadina: vivono liberi, raramente in colonie; hanno dimensioni piuttosto piccole e sono uniflagellati. Hanno la capacità di incistarsi se esposti ad un ambiente troppo secco.
Criptomonadina: solitamente biflagellati, si trovano comunemente sia in acqua dolce che nel mare. Caratteristici per la forma piatta della cellula che costituisce l’organismo, si riproducono per semplice divisione binaria.
Euglonoidina: uni-o biflagellati, generalmente autotrofi, provvisti di cloroplasti per la funzione clorofilliana. Molte specie appartenenti a questo ordine sono però in grado di esplicare anche funzioni eterotrofe, nutrendosi di residui organici o di altri piccoli organismi.